Nace en la Quebrada de Apacheta, junto al Nevado Misti, a 5.597 msnm, en la región de Arequipa en los Andes peruanos, en la cordillera de Shila. Una sencilla cruz de madera marca el origen del cauce. Esta montaña había sido indicada como la probable fuente ya en 1971, pero la confirmación recién se hizo realidad en 2001. Las aguas de deshielo fluyen hacia el Río Apurimac, tributario del Ucayali, que finalmente se une al Marañón para formar el cauce principal del Amazonas. Luego de la confluencia entre el Apurimac y el Ucayali el río deja atrás el territorio andino y entra en una planicie aluvial inundable y suavemente ondulada.